孙承宗向崇祯汇报了总参谋部对此次行军军演作出的检讨和总结之后，随后便奉上了京畿都督府军制变革的完整计划。
这份计划汲取了这次军演的教训，也符合了年初提出的，京畿都督府名下军队重新整编，事权一统的需求。
茅元仪为崇祯讲解着这份计划的主要内容，首先是原本泾渭分明的新军训练营、京营及左良玉率领的辽西边军，在这次整编计划中将会尽可能的打乱混编。
新军制是在去年野战军编制计划上的重新调整，原先新军的指挥层级是排、连、营、团、旅、师，但是军演暴露出来的指挥不畅问题，使得总参谋部重新调整了军队指挥中枢。
步兵的编制为：每五人为一伍，设伍长；每十人设一什，设什长；三什为一排；四排为一连；四连为一营；四营为一团；三团为一师。一个营被压缩到了540人，一个团则是2325人，一个步兵师则是7600人。
车骑师5400人，骑兵师3200人。京畿都督府下设2个骑兵师，2个车骑师，2个步兵师，共计32400人，此外还有两个新兵训练师，各5000人编制，用于替换各军的退役士兵。
如此一来，原本京畿都督府名下管理的各部官兵，将统一被编为新编皇家陆军的番号，同他们之前的来源再无联系了。
吴怀依旧率领自己的骑兵第一师，而原本的骑兵第五联队则升级为骑兵第五师，骑兵第一师拨出了一个联队用于加强骑兵第五师，总参谋部又同时往这两个骑兵师内补充了不少人手，使得吴怀对于这两个骑兵师的影响力大大的降低了不少。
除了吴怀依旧率领骑兵第一师外，其他五只军队分别由左良玉、黑云龙等人所率领。阎应元、金国凤等军校毕业生，则大多提拔到了团、营一级的职位上。
以这个计划进行整编，总参谋部对于京畿都督府的控制反而得到了加强，而总参谋部权力的增强，便也是崇祯对京畿军队控制权力的增强。
朱由检听完了整个整编计划之后，只是稍稍沉默了一阵便说道：“那就按照总参谋部的请求，按照这份整编计划改组京畿都督府，不过朕希望整个计划能够在7月底8月初完成，新编皇家陆军能够在8月底前初步磨合完成。
本次军演淘汰下来的一营军士及一部分平时表现较差的武官，改组为地方警备部队，调任上海市。然后以他们为核心，在当地招募一些人手，组建上海警备师，以保卫上海市。该部队的管理权力属于总参谋部，地方官员不得插手，但是在突发状况下，可接受地方官员的请求，维护地方上的治安或保护平民。”
对于崇祯的提议，茅元仪自然是心生欢喜的。总参谋部成立以来，就一直在同文官、边镇将领和内地卫所争夺对军队的控制权力，但是除了新成立的新军之外，对旧有军队的管理权力一直进展缓慢。
特别是对江南地区的军事力量，总参谋部下达的改制整顿命令往往被当地卫所将领阴奉阳违，又或是被南京的勋贵所阻扰。
即便是鹿善继等人在南京设立了军校，但是缺乏了皇帝在当地的震慑，南京城内的勋贵们依旧把持着本地的军队和卫所，使得总参谋部的影响力无法在当地得到任何回应。
如果有了这么一支从北方调去的军队，那么起码也算是在江南地区插入了一根钉子，让南京军校培养出来的军官们，不至于被那些南京勋贵、卫所将领所排挤。
茅元仪刚刚答应了一声，崇祯又继续说道：“除了京畿都督府名下军队进行整编之外，城内的锦衣卫、皇城的侍卫亲军，总参谋部也拟一份整编计划出来吧。
侍卫亲军就不说了，既然是亲军，将来必然也是要上战场的，就按照作战军队进行整编。至于锦衣卫，现在已经分离出了巡警和治安部队，巡警这块就不必去理会，从治安部队中挑选出一个师的编制，作为京城内城的守御部队，剩下的依旧作为维护京城治安的武装警备力量。”
茅元仪尚未开口，孙承宗已经匆匆对着崇祯说道：“陛下，让总参谋部对侍卫亲军和锦衣卫进行整编，是不是有所不妥？这两只部队一向都是陛下亲领，勋贵佐之，外臣不得干预。总参谋部虽然忠诚于部下，但是干预陛下亲军事务，恐怕有擅权之嫌。”
对于孙承宗的担心，朱由检却没有放在心里，他毫不在意的说道：“总参谋部不过是对这两只部队进行整编及训练，他们的领导权力依然直属于朕，因此不算什么擅权之举。
更何况，现在这两只军队久不上战场，平日除了守卫皇城内外，维护京城治安，缉拿官员及要犯之类的工作，那里还有半分军队的样子。
虽然去年朕让连善祥稍稍整顿了下侍卫亲军的军纪，但终究不是什么练军正途。此次借着京畿都督府整编军队的名义，让两军也彻底整顿一下，朕也能安心一些。否则真要上了战场，朕怎么能指望他们来保卫朕呢…”
当崇祯同孙承宗等人商谈，整编京畿都督府和侍卫亲军、锦衣卫的事宜时，张燮正带着一干军校教官接回了北上试航回来的海军学员们。
70名海军学员，一趟航行便失去了十分之一的成员，这个高额的损耗比例，让张燮的脸色变得异常难看。
张燮在崇祯一副手书的逼迫下，不得不赴京担任海军军官学校的校长。虽然刚开始的时候，他还心存疑虑。但是当他真的可以不受阻扰的按照自己的想法，去教育和培养这些海军学员后，他刚刚赴京时存在的那点疑虑早就抛之脑后了。
教书育人，原本就是张燮平日里的志向，他在家乡时就因此收了不少弟子。他和这些海军学员刚开始接触的时候，虽然觉得他们每个人身上都有着不少的毛病。但是半年多相处下来，倒也算是建立了不少感情。
能够进入海军学校的学员们，无论他们入校之前的身份家世是什么，就他们自己本人来说，还是具备有一定的才能的。毕竟崇祯建立陆海军军校，是为军队培养指挥人才，而不是帮助勋贵、将门子弟镀金的。
在张燮的努力下，学校内部原本分裂对立的寒门、勋贵、将门出身的三个学员团体，也慢慢开始弥合了一些裂痕。
看着自己的教育开始初见成效，张燮自然是倍感欣慰的。对于崇祯挑选几位西洋夷人来传授，航海经验和海上作战的技战术，张燮是持支持态度的。
但是让一名荷兰人作为“郑和号”舰长，带着海军学员进行试航，他却是反对的。作为一名福建人，又是编撰了《东西洋考》的作者。
他对于夷人在东南亚的恶行并不陌生，也深深的警惕着这些西洋夷人。在他看来，聘请这些西洋夷人作为教官是一回事，任命他们担任大明海军军舰的舰长出航作战是另一回事。
以这些西洋夷人在东南亚诸国的行径看来，他们绝不会忠诚于自己的雇主，他们在了解了雇主的虚实之后，往往就会勾结其他夷人背叛雇主，从而给雇佣他们的国家带来灾难。
福建、广东海岸线曲折，都是大明南方良港最多的地区，因此西洋夷人出现在东南亚后，就几次想要武力侵占两地的良港，以获取同大明的贸易。在这些小规模的战争中，西洋夷人因为力量不足，终于还是退却了。
不过却也引起了两地有识之士对海防的担忧，张燮便是这些人中的一个。虽然西洋夷人在福建、广东掀起的战争，不如嘉靖年间的倭乱这么声势浩大。但是西洋夷人的坚船利炮，还是给他们留下了不少印象。比如红夷大炮和斑鸠铳，便是明军从这些西洋夷人那里学习到的新武器。
不过张燮对于爱德蒙·唐泰斯就任“郑和号”舰长的反对，最终还是被崇祯所压住了。
但是今天张燮看着60多名远航归来，却神情黯然的海军学员们，还有他们手中捧着的数只骨灰盒，立刻感到了心痛和愤怒。
挑出了几位学员代表，了解了事情经过之后，他立刻便决定要上书皇帝，请求解除爱德蒙·唐泰斯“郑和号”舰长的职务。
在他看来，爱德蒙·唐泰斯的行为，完全是妄顾人命。这些海军学员有许多人还是第一次出海，爱德蒙·唐泰斯无视这一事实，直接以一名熟练水手的要求去训练这些海军学员，从而导致了数人伤亡，这是玩忽职守。
张燮的愤怒同样引起了海军学校学员们的支持，这些学员同样不希望，在一次出航之后，就结束了自己的生命或是仕途。
当这份群情激奋的上书放置在崇祯面前时，朱由检也才刚刚了解到这次北上之行，“郑和号”上人员的伤亡状况。
虽然痛心于这些海军士官生的损失，但朱由检却没有对爱德蒙·唐泰斯进行处罚的意愿。
为此崇祯不得不亲自召张燮、爱德蒙·唐泰斯入宫，希望在两人之间进行调解。
即便是在崇祯的面前，张燮也依然不愿意放弃自己的主张，坚持要解除爱德蒙·唐泰斯海军学校教官和“郑和号”舰长的职务。他认为一个不能够爱护学员和部下的人，是无法担任大明海军的军官的。
朱由检不得不对爱德蒙·唐泰斯说道：“爱德蒙，在你曾经的国家里，想要培养一名能够远洋航行的船长，大概是多少比例？过去和你一起上船的同僚，现在还剩下了多少人？”
爱德蒙·唐泰斯虽然脸色难看，但还是对着崇祯回道：“从一名普通水手到一位商船船长，大概每3、40名水手中能够出现一名。
而想要成为一名能够跨越大洋的商船船长，大概每10名普通船长可以出现2、3名。但是一名优秀的，能够进行环球航行的海军舰长，就算是10名能够跨越大洋进行贸易的商船船长中，也难得出现一名…”
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