当总参谋部的其他成员离去，只剩下了孙承宗和茅元仪两人时，朱由检才继续对着两人说道：“战争已经结束，接下来大明应当可以过上一段平稳的日子了。我们必须要抓紧时间，在这段时间内重建整个大明的军事系统。
朕对总参谋部只提出两个要求，第一个要求是，未来三年内将大明军队的总数精简到200万人之内，建立起野战军、守备部队和武装警察的三级力量体系，以取代现在的边镇、卫所体系。野战军暂定为36万人，守备部队暂定为74万人，武装警察暂定为90万人。
第二个要求就是，开始着手对服役十年以上、或年龄超过40以上的官兵进行复原动员，普通士兵可安排至关外、海外进行拓荒垦殖，并对退役官兵进行登记，建立预备役体系，以备紧急状况时进行征发他们。
对于军官和服役期间得过军功章的士兵进行甄别挑选，对符合留用要求的人员进行短期培训之后，再安排到其他部队任职。对于那些不符合留用要求的人员，则安排到各地的巡警部门任职。
首先保证北直隶、山东、河南、山西、陕西五省巡警部门的建立，再考虑向其他各省的巡警部门充实人手。朕需要你们在一年之内，将北直隶、山东两省的巡警部门优先健全起来，以备朝廷动用。”
对于皇帝的要求，孙承宗和茅元仪倒是没有感到意外，毕竟精简军队建立三级军事力量体制，原本就已经在总参谋部的讨论之中。只不过此前总参谋部权威未立，只能在京营和京畿附近的边镇中进行改良式的整顿军队罢了。
从这次的战争中可以看出，这种改良式的军队整顿并不能彻底改变边镇的面貌，对于军队的战斗力提高有限。因此当战争结束之后，赢得了战争的总参谋部和崇祯都打算对军队进行一次全面的整编。
同皇帝交换了意见之后，孙承宗和茅元仪终于告退离去了，会议室内只剩下了崇祯一人。王承恩这时才走进了会议室内。
朱由检看着王承恩说道：“柳敬亭是不是还在外面等候？让他进来吧。”
在武英殿偏殿内等候的柳敬亭，得到了王承恩的传召后，便跟着他进入了武英殿内。朱由检见到他后，甚是开心的说道：“柳先生请坐下说话，你这次出使察哈尔部，说动林丹汗出兵助我大明，实在是大功一件啊。”
柳敬亭赶紧谦让道：“臣倒是不敢居功，林丹汗虽然愿意出兵相助，但是他派出的人马不多，显然有观望我大明同后金相争的意思，臣以为察哈尔部并非是我大明的善邻。”
朱由检笑了笑说道：“朕倒是不在乎他派出的那点人马，朕在乎的是柳卿你稳住了林丹汗，没有让他趁着我们同后金作战，在西北捅我们一刀。
察哈尔部可不可信，不在于林丹汗的心思，而在于察哈尔部中下层部众的想法。只要我们能够将察哈尔部的经济和大明联系在一起，那么林丹汗想要起兵攻我，就未必能够得到底下部众的支持。
另外，你也要继续同察哈尔部的大小首领们交好下去，如果我们能够在政治上分化察哈尔部的大小诺颜，那么林丹汗也就只剩下一个蒙古大汗的空头名衔了。到了那个时候，察哈尔部自然就成为我大明的善邻，甚至也可能成为我大明的一员了。”
柳敬亭微微点了点头说道：“陛下的策略高妙，只要我大明坚持下去，臣以为必见奇效。臣这次出使察哈尔部，除了同林丹汗商议了结盟抗金之事外，倒也听到了林丹汗的一个请求，臣当时担忧林丹汗态度反复，所以就大着胆子答应了下来，还请陛下恕罪。”
朱由检摆了摆手说道：“你是朕挑出的使者，只要不是有心为之，朕总是要认同你答应林丹汗的条件的，你便向朕说说吧，你和林丹汗商谈的经过和内容…”
柳敬亭不敢怠慢，便一五一十的向皇帝交代了，林丹汗试图让大明支持他反黄教的立场，还打算组建一个反黄教联盟的经过。
朱由检沉默了许久之后，才对着柳敬亭说道：“你对林丹汗的应对很合适，我们可以默许甚至是暗中支持他反黄教的立场，但是大明不会陷入到这场宗教战争中去。
你作为宗教和民族事务委员会的大臣，在公开场合必须要清楚明白的表达我大明在宗教事务上的一贯立场。那就是：我大明尊重百姓的信仰自由，不会强迫百姓信仰或是不信仰特定的宗教。但是，任何想要借助宗教传播迷信、分裂大明或是试图插手世俗权力的人，都是宗教和民族事务委员会要警惕和打击的对象。
当然，在私下里，朕授权给你，准许你在维护大明利益的前提下，以非官方的身份作出一些承诺。比如你承诺帮助林丹汗组建黄教联盟，我会让王承恩拨付10万元给委员会，让你自由动用。
我对反不反黄教没什么兴趣，但是借着这个机会拉拢一下外蒙古各部，顺便结交几个反对黄教的喇嘛，也未尝不可。现在黄教的首领虽然是五世*，但是他的年纪尚幼，掌握黄教大权的是索南群培、罗桑却吉坚赞。
上一次，朕派人想要邀请五世*上京，但是却被两人拒绝了。虽然黄教在乌斯藏和蒙古各族中下阶层中影响力颇大，但是黄教却深受藏巴汗等乌斯藏上层人士的忌惮。朕原本以为，邀请五世*上京，并不是什么艰难的事情。
但是没想到，这些黄教喇嘛居然并不看好我大明的未来，拒绝了五世*上京拜见朕，只是派出了一名使者上京。
朕此前也请人给朕讲了讲黄教、花教这些密宗教派的教义，以朕的主观意见来看，如果其他密宗教派不进行改革，废弃那种愚昧落后的宗教仪式和守旧的教义，那么黄教也就是格鲁派的获胜，应当是大概率事件。
所以我们想要让乌斯藏和蒙古各部重回大明的治理之下，赢得黄教的支持是必要的。但是在没有外力的压迫之下，黄教这些喇嘛恐怕很难向我们靠拢。
所以我们要做好两手准备，一是拉拢倾向大明的黄教喇嘛，二是在密宗其他教派中扶植人手。必要的时候，朕需要你推动这些喇嘛进行教义和仪式上的改革，以适应同黄教在下层百姓中竞争信众。如果经费不够的话，你可以随时向王承恩递交报告。”
柳敬亭起身向崇祯行礼说道：“陛下的命令臣自当遵从，但是臣有个不情之请，还请陛下恩准。”
朱由检语气轻松的说道：“你尽管说，只要朕做得到，一定会答应你。”
“臣此次出使察哈尔部，得到常家的帮助不少。臣以为，想要替陛下完成经营蒙藏的任务，非借助商人的力量不可…”
从武英殿内走出来的柳敬亭，笑容满面精神甚为爽利，显然同皇帝商谈过后，他的心情变得极好。
而崇祯从武英殿离开之后，并没有立刻返回乾清宫，而是去了嘉乐殿，和海商代表们交谈了一会之后，朱由检便去了后殿叫来来许心素单独会面。
当许心素被带入后殿，其他人便被朱由检赶了出去，只留下了王承恩配备两人。朱由检对着许心素说道：“朕找你过来，主要是想问问鸡笼和淡水两港，现在发展的如何了？朕听说往台湾地区的移民速度，现在好像陷入了停滞，是怎么回事？”
许心素想了一会才说道：“往台湾移民的速度之所以陷入了停滞，主要问题还在于台湾北部山林茂盛，蛇虫繁多。
从江南和北方迁移过去的人口，因为不适应当地的气候，染上疫病身亡的起码接近移民人数的三成。因为死亡率的关系，所以移民速度开始停滞不前。不过从福建、广东迁往台南的人口却要好得多，所以臣以为如果我们这边也将移民的方向转向台南，也许移民的数量会有所提高的。”
朱由检摇头反对道：“那可不行，现在郑芝龙和你相安无事，那是因为你没有侵犯到他的地盘。
如果你也迁移人口去台南，恐怕当地土著没有反抗你，倒是郑芝龙要出手对付你了。在现在这个局势下，朕不会允许大明的海上势力自相残杀的。
而且台北虽然没有平原，但是有硫磺和黄金，还有足够的水源，只要能够开发出来，就是大明在东亚最好的海外基地。
只要有台北这个后方基地，不但可以护卫东南沿海，还可以辐射琉球日本。琉台不守，三韩为墟…”
朱由检下意识的将后世琉球、台湾的重要性复述了出来，许心素虽然觉得皇帝未免将这两处地方说的太过重要，但他还是明智的保持了沉默。
。