序章
赛博坦宇宙中唯一一个纯金属星球，上面生存着一个无限接近十级文明的金属机械生命种族——变型金刚一族。最初的星球是由一个狡猾邪恶却很先进种族占领，变型金刚一族在诞生前的祖先被这股种族奴役，在漫长的奴役时代一名祖先获得奇遇成为第一位变型金刚在这位变型金刚先驱的带领下一名名变型金刚诞生，他们团结在第一位变型金刚先驱身边发动起义与奴役他们的种族战斗，经过漫长的战斗变型金刚一族人数越来越多战斗经验也越来越丰富终于驱逐了那个邪恶狡猾凶残的种族，在金属星球上建立起一个完全由金属机械生命构成的国度而这颗星球也就被命名为赛博坦，为了保护得来不易的家园一部分变型金刚着重战争方面的工作拥有大量战斗经验负责保护家园他们称自己为霸天虎、另外一部分着重建设任务他们负责建造家园他们称呼自己为汽车人，双方紧密合作逐渐把一颗金属星球建造成硕大无比的金属要塞星球。
当一个文明发展到一定程度的时候就开始寻找宇宙的智慧生命进行交流，在探索的过程比较善良做事温和的汽车人与主张战争征服的霸天虎间经常会发生意见冲突于是他们决定选出最有智慧的族人组成议会来裁定意见冲突的事件该如何做，拥有议会之后很多事情得到了裁决可是问题是任何出现分歧的事情裁决后总有人失意有人得意，而这种失意和得意潜移默化的变成双方心底的刺随着时间的流逝这种刺就变成偏见变成敌视，慢慢的双方形成两派霸天虎组成狂派汽车人组成博派彼此的矛盾也因两个团体的日益壮大而变得尖锐起来。
被变形金刚一族驱赶的那个邪恶狡猾残暴的种族在亿万年之后卷土重来，矛盾重重的两派重新集合起来对抗敌人经历漫长的战斗那个种族只有少量人员脱离了战场为了不让这个种族再有卷土重来的机会，议会决定派遣最忠诚最强大第一代变型金刚——零率领精锐变型金刚战士构成舰队追击敌人。
在议会所属的精锐舰队离开千年后，狂派发动突如其来的政变让整个赛博坦陷入战争议会失去控制力被迫解散，狂派和博派陷入了旷日持久的战争中星球不断遭受破坏大量资源被破坏被浪费，最终他们的家园赛博坦发生裂变开始崩溃两派的首领带领各自的支持者放弃了他们的家园，在赛博坦裂变崩溃的时候变型金刚一族的圣物——魔方矩阵失踪了。
两派的首领持着各自的身份证明首领之章带领幸存者一边战斗一边采集资源一边寻找魔方矩阵，可是两派的首领都不知道他们认知和找寻的圣物不过是初代变型金刚为保护真正圣物火种弄出来的替代品而已，处于对圣物的崇拜所以他们制作出的替代品不被允许称呼为火种所以选择了替代的名称魔方矩阵，这个秘密只有最初代和一代三千名变型金刚知道可是在反抗起义战争中初代全部陨落而第一代也损失了一半后来时间悠久又有大部分第一代变型金刚寿命到了，仅有的两位知情者一位成为了议会的议长，另一位则是讨伐变型金刚一族敌人的总指挥官零，而这位指挥官在与敌人的漫长追逐战斗中陨落议会议长就成为最后一个直到秘密的人，可在狂派发动政变的时候第一个要对付的就是这位议长，随着议长的阵亡真正火种存在的秘密也就随之消失，但是火种这个名字还是流传出来这是在最初建设赛博坦的时候那些还活着的第一代变形金刚谈论的时候偶尔会提到火种这个名字，不明所以的后辈变形金刚误认为初代一代变形金刚是用火种称呼魔方矩阵因此有部分人也就沿袭下来，在这些变形金刚的眼中火种等同魔方矩阵可惜他们的理解是错误的而发觉这点的初代一代变形金刚并无意去纠正，于是火种这个名字就被错误的流传下来。
在之后的伪火种争夺中狂派和博派再次损失大量族人，当他们意识到再下去将会灭族的时候终于停战了可他们却发现自己争夺的圣物火种再也不能增加新的族人，而伪火种内保存的火种力量因为得不到真正火种力量的补充再也不具备增加新变型金刚的能力，时间越久伪火种内真正火种的力量越少最终完全消散，战争中幸存下来的狂派博派们彻底失去了生存下去的意愿，有的变型金刚发疯了疯狂的攻击其他智慧生命文明结果被粉碎、有的变型金刚抱着希望踏上寻找真正火种的道路、绝大多数幸存下来的变型金刚选择长眠，除非真正火种出现或掌控火种的掌控者出现否则他们选择在长眠中耗尽体内火种的力量直到力量彻底消失为止。
变型金刚真的要走向末日了吗？这是所有选择长眠下去的变型金刚长眠前最后的疑问，看着和自己一起选择长眠的族人这一刻没有什么狂派博派之分他们只有一个名字——变型金刚，在这一瞬间他们回到最初重新成为了变型金刚而在这个时候他们仿佛跨越了时间长河看到了圣物——火种，火种一定会重新启动！变型金刚一族一定会重新聚集在一起重建赛博坦重建所有变型金刚一族的家园，带着仿佛预言般的希望变型金刚们眼中的电光逐渐暗淡他们坚信当他们重新苏醒的时候一定就是变型金刚一族重现的时刻。